Estou com o seguinte problema atualmente. Códigos editados no linux usam uma maneira diferente para registrar a quebra de linha (caracter de controle: LF) já o Windows usa CRLF.
Como o runuo tem todo o código feito usando CRLF e nós nos baseamos nele, toda vez que eu estou editando um código no linux, quando envio pro controle de versão ele registra essa incompatibilidade.
A principio não teria problema algum, mas isso pode gerar problemas futuros.
A IDE que estou usando é o monodevelop e ele possui configuração pra gerar CR e CRLF mas aparentemente não está funcionando como esperado.
Preciso de mais tempo investigando isso. Se alguém puder auxiliar seria de grande ajuda.
OBS: a diferença aparece quando você faz um DIFF, ele vai mostrar no final da linha alterada o seguinte: ^M